何かと話題のご当地ゆるキャラ以外に、最近は萌えキャラを地域の振興や商品のPRに活用する「ご当地萌えキャラ」の存在が目立つ。地域の公認・非公認キャラや企業のイメージキャラなど、あまた存在する中でも、コミカライズ・ノベライズしてバックストーリーをしっかり持たせている「本気の萌えキャラ」を紹介する。
諏訪姫･･･長野県諏訪市
諏訪市公認のゆるキャラ「諏訪姫(すわひめ)」。株式会社ピーエムオフィスエーのホビー事業部「PLUM」が制作。イベント用の着ぐるみキャラ、イラスト用キャラ、デフォルメされたプチキャラがいる。フィギュアなどの関連グッズも豊富。
＜参考サイト＞
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公式サイトではWEBコミックも連載中。
＜すわひめパラドックス!!＞
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スマホ用の諏訪市街歩きナビも登場。
＜スマホ用アプリ「すわなび」＞
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東北ずん子･･･東北地方
東北地方応援キャラクター。SSS合同会社が制作。ボーカロイド化されており、コラボ版VOICEROIDアプリも販売されている。
公式ノベライズも刊行されており、姉のイタコ、妹のきりたんも登場し、バックストーリーも広がりを見せている。
なお、4コマ漫画投稿サイト「4KOMA PARTY」にて『ずんちゃんといっしょ』というコミックが読める。
＜4KOMA PARTY＞
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ひなちゃんと稲川みなせ･･･秋田県湯沢市
特産品の販促を目的としたプロジェクト「特産美少女紀行」のキャラクター。比内地鶏の特性を持つ少女「ひなちゃん」と老舗うどん屋の娘「稲川みなせ」がいる。
＜公式サイト＞
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ランチョンマット等のグッズも販売されており、公式サイトではWEB小説も連載されている。
イーたん･･･栃木県宇都宮市
同人サークル「いちごちゃんベリープロジェクト推移委員会」が制作した栃木県のご当地キャラ。
＜公式サイト＞
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4コマ漫画投稿サイト「4KOMA PARTY」にて『いちごのくにのイーたん』というコミックが読める。
＜4KOMA PARTY＞
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きみわたプロジェクト･･･鳥取
鳥取の「萌えおこし」企画。ストーリー性を重視し、キャラクターの日常をイラスト入りで綴ることで鳥取の風土や人々の生活を広く全国に発信しようというプロジェクトのもと、宇佐美祐花（うさみゆか）と稲田なつみ（いなたなつみ）をメインに総勢10名のキャラクターが存在する。
公式サイトでオリジナルストーリーを掲載中。ドラマCDなども制作されている。商用コンテンツ並みに完成度が高い。
＜公式サイト＞
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からす天狗うじゅ･･･京都
太秦映画村で行われる「太秦戦国祭り」のマスコットキャラクター。
＜公式サイト＞
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ガンガンオンラインにて『からす天狗うじゅ 和みっくす』が連載中。
音々ちゃんと光ちゃん･･･大阪・日本橋
大阪日本橋(にっぽんばし)プロジェクトのイメージキャラクター、音々(ねおん)ちゃんと光(ひかり)ちゃん。キャラクターデザインは『涼宮ハルヒの憂鬱』で有名ないとうのいぢ氏。
＜公式サイト＞
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公式サイトにて4コマ漫画が連載中。
＜公式サイト＞
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知多娘。･･･愛知県／知多半島
知多半島のPRを目的とする「知多娘。プロジェクト」のキャラクターたち。総勢16名。
＜公式サイト＞
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各種商品やVISAカード、３Dアプリ「キャラミん」とのコラボなど、幅広く展開中。『ちたコミ』というWEBコミックが連載されている。
＜ちたコミ＞
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